Algorithme pour la reconstruction de séquences ancestrales en incluant les événements de transferts horizontaux de gènes

Mbaye, Mouhamadou Moustapha (2019). « Algorithme pour la reconstruction de séquences ancestrales en incluant les événements de transferts horizontaux de gènes » Mémoire. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Maîtrise en informatique.

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Résumé

L'analyse comparative des séquences génomiques nous permet d'utiliser des outils et algorithmes bio-informatiques pour la reconstruction des séquences génomiques ancestrales. Ce dernier consiste à identifier les séquences du passé qui ont permis d'obtenir les descendants observés en ce moment. Le problème de la reconstruction des séquences ancestrales a été abordé dans le passé en tenant compte des phénomènes de substitution, d'insertion, de délétion et de duplication. Cependant, très peu d'études ont été consacrées à l'inclusion des transferts horizontaux de gènes (THG). Or ces derniers sont prépondérants dans le règne microbin. Dans ce mémoire, nous nous intéressons à l'inclusion de ce dernier dans un cadre de maximum de vraisemblance. Nous utilisons un type de structure de données qui est la combinaison d'un modèle de Markov caché et d'un arbre phylogénétique permettant de capturer les dimensions temporelles et spatiales. Ainsi la nouvelle procédure de reconstruction des génomes ancestraux impliquera la reconstruction de séquences pour chaque bloc aligné incluant l'ensemble des substitutions, des insertions, des suppressions et des transferts horizontaux de gènes qui peuvent produire un ensemble de données de séquences existantes en fonction d'un arbre phylogénétique. Cette méthode est basée sur la réconciliation des topologies entre un arbre d'espèces fixé et les arbres des différents blocs alignés (considéré comme des arbres de gènes). Elle exploite la distance de Robinson et Foulds (RF) comme critère métrique de comparaison topologique. Le cadre construit a été testé à travers des simulations et les résultats préliminaires montrent l'importance de cette inclusion pour la compréhension des scénarios d'évolution. _____________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Transfert horizontal de gènes, Algorithmes, Reconstruction de génomes ancestraux, Insertions et suppressions, Maximum de vraisemblance, Arbre phylogénétique.

Type:	Mémoire accepté
Informations complémentaires:	Le mémoire a été numérisé tel que transmis par l'auteur.
Directeur de thèse:	Diallo, Abdoulaye Banire
Mots-clés ou Sujets:	Reconstruction de séquences ancestrales / Algorithmes / Transfert horizontal de gènes / Réseaux phylogénétiques
Unité d'appartenance:	Faculté des sciences > Département d'informatique
Déposé par:	Service des bibliothèques
Date de dépôt:	11 sept. 2020 11:26
Dernière modification:	11 sept. 2020 11:26
Adresse URL :	http://archipel.uqam.ca/id/eprint/13470

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