Développement d'une base de données bioinformatique spécialisée GBank UQAM

Djema, Rabah (2008). « Développement d'une base de données bioinformatique spécialisée GBank UQAM » Mémoire. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Maîtrise en informatique.

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Résumé

La base de données GBank de l'UQAM a été développée afin de pallier certains problèmes majeurs posés par l'utilisation de la base de données GenBank du NCBI. En effet, les problèmes suivants ont déclenché le développement de GBank UQAM: 1-Certaines requêtes complexes utilisées par les bioinformaticiens sont lentes en raison notamment de la taille énorme et toujours croissante de la base de données. 2-Les bioinformaticiens de l'UQAM dépendent entièrement de la base de NCBI. En cas de sa panne, ils n'ont pas de possibilité d'y accéder. 3-Les utilisateurs n'ont aucun contrôle sur la base de données GenBank. En plus, ils dépendent entièrement des mises à jour du NCBI. 4-Les outils de GenBank pour le filtrage des données ne sont pas toujours adaptés aux besoins des bioinformaticiens intéressés par l'analyse phylogénétique. Ceci mène les bioinformaticiens de se soumettre au mode de fonctionnement de la base GenBank. GBank UQAM se voit donc un sous-ensemble de la base GenBank international, qui résout en totalité ou partiellement les problèmes posés ci-dessus. Ceci a été rendu possible notamment grâce à l'utilisation de la base de données Oracle 10g qui offre plusieurs caractéristiques intéressantes. La nouvelle base de l'UQAM permettrait donc: 1-d'Améliorer le temps de réponse: Étant traité localement, nous pouvons offrir un temps d'accès nettement meilleur. 2-de Mieux contrôler les données: Nous pouvons organiser les données selon nos besoins et donc rendre la base de données plus optimale. En effet, maintenant nous sommes capables de filtrer les données selon nos besoins spécifiques ce qui augmente nettement notre productivité. 3-d'Optimiser la base de données: Avec des temps de réponses améliorés et une plus grande maniabilité dans la gestion de la base de données de l'UQAM, il nous est possible d'optimiser continuellement notre base de données pour la rendre plus évolutive et plus adaptée à nos besoins futurs. Afin de mieux exploiter la nouvelle base de données, nous avons élaboré une interface utilisateur facile et conviviale qui répond à tous les besoins des utilisateurs (bioinformaticiens) d'une base de données bioinformatique. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : GBank UQAM, Bioinformatique, Oracle10g, Performances, T-REX.

Type: Mémoire accepté
Informations complémentaires: Le mémoire a été numérisé tel que transmis par l'auteur.
Directeur de thèse: Makarenkov, Vladimir
Mots-clés ou Sujets: Base de données, Bio-informatique, Oracle (SGBD relationnel)
Unité d'appartenance: Faculté des sciences > Département d'informatique
Déposé par: RB Service des bibliothèques
Date de dépôt: 25 nov. 2008
Dernière modification: 01 nov. 2014 02:07
Adresse URL : http://www.archipel.uqam.ca/id/eprint/1356

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