Développement de l'interface web du logiciel T-REX (Tree and reticulogram reconstruction)

Résumé

Depuis son apparition, le logiciel T-Rex (tree and reticulogram recontruction) est un outil puissant pour la reconstruction et la visualisation d'arbres phylogénétiques et de réticulogrammes. Un réticulogramme est un réseau phylogénétique permettant de représenter les phénomènes d'évolution réticulée tels que l'hybridation, la recombinaison génétique et le transfert latéral de gènes. La reconstruction peut être faite à partir des matrices de distances complètes, des matrices de distances incomplètes et des séquences moléculaires. Dans le but de permettre aux biologistes et aux bioinformaticiens de bénéficier des différentes options, modes de calcul, ainsi que des diverses nouveautés de T-Rex, nous avons développé la version Web de ce logiciel. Dans ce mémoire, nous décrivons les différentes fonctions, méthodes et outils inclus dans T-Rex Web. Nous décrivons aussi les nouveaux programmes ajoutés à T-Rex Web, tels que ClustalW, Calcul de la distance topologique de Robinson et Foulds, et Species Taxonomy. La dernière option permet de générer une matrice de distances d'arbre et de reconstruire des arbres phylogénétiques à partir des listes des lignées des espèces données. La version Web du logiciel T-Rex est disponible à l'adresse URL suivante: www.trex.uqam.ca. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : T-Rex, arbre phylogénétique, matrice de distance, réticulogramme, interface Web, taxonomie d'espèces.