Un nouvel algorithme pour l'inférence de réseaux d'hybridation

Résumé

Depuis une quarantaine d'années, de nombreux algorithmes et logiciels ont été développés pour inférer des arbres phylogénétiques. Cependant, certains phénomènes biologiques comme l'hybridation ou le transfert latéral de gènes ne peuvent pas être représentés sous la forme d'un arbre. On utilise ainsi de plus en plus des réseaux phylogénétiques. Les recherches sur ce sujet ont débuté il y a une dizaine d'années et les outils disponibles actuellement pour déterminer des réseaux phylogénétiques sont beaucoup moins performants que dans le cas des arbres. L'objectif principal de mes recherches consiste ainsi à développer une nouvelle méthode pour inférer des réseaux phylogénétiques en se limitant au cas de l'hybridation. J'ai ainsi développé un nouvel algorithme qui permet de retrouver tous les arbres phylogénétiques et de détecter tous les hybrides entre des branches voisines. Quand les parents des hybrides ne sont pas voisins, il trouve les bons hybrides avec des taux de détection proches de 100%, mais il trouve trop d'hybrides et n'identifie pas toujours les bons parents de ces hybrides. Ce nouvel algorithme est itératif et est basé sur le critère des moindres carrés qui permet de déterminer la configuration optimale à chaque itération. Il a été implémenté dans le langage C++ et plusieurs centaines de simulations ont été effectuées pour tester ses fonctionnalités. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : arbre phylogénétique, inférence phylogénétique, réseau réticulé, hybridation, critère des moindres carrés.