Algorithmes pour la détection de transferts horizontaux de gènes complets et partiels

Diallo, Alpha Boubacar (2012). « Algorithmes pour la détection de transferts horizontaux de gènes complets et partiels » Thèse. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Doctorat en informatique.

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Résumé

Avec l'arrivée des données moléculaires vers la fin des années 70, nous avons assisté à la découverte de nouveaux mécanismes d'évolution primordiaux dont l'échange du matériel génétique entre les espèces. Un tel échange peut se faire horizontalement, quand l'organisme intègre le matériel génétique provenant d'un autre organisme qui n'est pas son descendant direct, ou verticalement, quand l'organisme reçoit du matériel génétique à partir de son ancêtre le plus proche. Le problème de la détection et de la classification des transferts horizontaux de gènes (THG) est parmi les plus ardus en bioinformatique. Dans cette thèse, nous décrivons cinq nouveaux algorithmes pour la détection de THGs complets ou partiels qui seront basés sur des comparaisons topologiques et métriques entre un arbre d'espèces et un arbre de gène inférés pour le même ensemble d'espèces. Ces algorithmes incluent l'algorithme de détection de THGs complets ainsi que ses versions interactive et consensus. Les deux algorithmes de détection de transferts partiels que nous avons proposés peuvent être vus comme une généralisation de l'algorithme de détection de transferts complets. Ils peuvent être utilisés pour identifier des gènes mosaïques. Nous présentons aussi dans cette thèse une version parallèle de l'algorithme de détection de THGs complets, ainsi qu'une plateforme pour la transformation semi-automatique de programmes bioinformatiques séquentiels en programmes parallèles. Une interface Web intégrant tous les programmes développés dans le cadre de ce projet doctoral a aussi été mise au point. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : algorithmes bioinformatiques, arbre phylogénétique, programmation parallèle, réseau réticulé, transfert horizontal de gènes (THG).

Type: Thèse ou essai doctoral accepté ()
Informations complémentaires: La thèse a été numérisée telle que transmise par l'auteur
Directeur de thèse: Makarenkov, Vladimir
Mots-clés ou Sujets: Algorithme, Arbre phylogénétique, Bio-informatique, Programmation parallèle, Transfert horizontal de gènes, Réseau reticulé
Unité d'appartenance: Faculté des sciences > Département d'informatique
Déposé par: Service des bibliothèques
Date de dépôt: 12 sept. 2013 14:52
Dernière modification: 01 nov. 2014 02:25
Adresse URL : http://www.archipel.uqam.ca/id/eprint/5391

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