Méthodes bioinformatiques pour l'évaluation de la classification du virus du papillome humain

Daigle, Bruno (2013). « Méthodes bioinformatiques pour l'évaluation de la classification du virus du papillome humain » Mémoire. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Maîtrise en informatique.

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Résumé

La classification des centaines de virus du Papillome Humain (VPH) est toujours un enjeu majeur en virologie et revêt une grande importance pour la prévention, le diagnostic et le traitement des maladies associées. Depuis 2003, les VPH sont officiellement répertoriés en trois classes hiérarchiques principales correspondant à des seuils de pourcentage de similarité de leur séquence d'ADN. Avec le nombre croissant de génomes séquencés depuis ce temps, les frontières entre les différentes classes pourraient se chevaucher, n'offrant pas ainsi une classification unique et cohérente. Pour le vérifier, à partir de l'information taxonomique extraite des 560 séquences de VPH obtenues de GenBank du NCBI, une méthode a été développée pour reconstruire un arbre où les feuilles sont les séquences génomiques, et où les nœuds internes correspondent à la hiérarchie des différentes classes. L'arbre est analysé à l'aide de programmes informatiques développés pour vérifier le respect des seuils de similarité. Une nouvelle mesure a aussi été élaborée afin d'évaluer l'étanchéité des différentes classes. Les résultats montrent que les seuils de pourcentages de similarité ne sont pas strictement observés et que les différentes classes se chevauchent. Un autre résultat montre qu'il est possible de générer exactement la classification actuelle en utilisant uniquement un algorithme informatique, ce qui n'est pas l'opinion de certains spécialistes du domaine. Il pourrait régner une confusion entre le procédé de classification et son résultat. Il apparaît que la similarité entre les séquences est bien une caractéristique a posteriori de la classification, et qu'elle ne puisse pas être considérée comme un critère unique de décision permettant de la générer. ______________________________________________________________________________

Type: Mémoire accepté
Informations complémentaires: Le mémoire a été numérisé tel que transmis par l'auteur
Directeur de thèse: Diallo, Abdoulaye Baniré
Mots-clés ou Sujets: Bio-informatique, Classification (Sciences naturelles), Génome, Papillomavirus, Séquence nucléotidique
Unité d'appartenance: Faculté des sciences > Département d'informatique
Déposé par: Service des bibliothèques
Date de dépôt: 09 sept. 2014 17:54
Dernière modification: 01 nov. 2014 02:28
Adresse URL : http://www.archipel.uqam.ca/id/eprint/6122

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