Analyse protéomique du plasma humain

Buchanan, Marguerite (2007). « Analyse protéomique du plasma humain » Mémoire. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Maîtrise en chimie.

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Résumé

Le sang est un milieu dynamique et complexe qui véhicule une grande quantité d'informations biochimiques et moléculaires. D'où, le but de notre projet qui est de trouver la méthode la plus efficace pour fractionner le plasma en protéines peu abondantes et en protéines abondantes et de mettre au point des gels 2-D afin de faciliter la découverte de biomarqueurs pour la détection précoce du cancer du sein ou de l'ovaire. La raison pour laquelle nous portons une attention particulière au fractionnement du plasma est que celui-ci est composé d'une grande quantité de protéines abondantes et celles-ci peuvent interférer dans notre recherche de biomarqueurs. L'hypothèse avancée est que les marqueurs tumoraux seraient présents en faible concentration dans le plasma parmi la fraction des protéines peu abondantes, qui constitue moins de 10% des protéines du plasma sanguin. Il s'agit donc de trouver la méthode de fractionnement du plasma la plus efficace pour la déplétion des protéines majeures. Trois colonnes d'affinité ont été comparées et validées par SDS/PAGE et IEF/SDS. Il s'agit des colonnes ProteoExtract™ Albumin/IgG Removal Kit, Agilent Multiple Affinity Removal System et ProteomeLab™ IgY-12 Spin Column Proteome Partitioning Kit. L'analyse des résultats confirme la capacité supérieure de déplétion et l'enrichissement accru des protéines peu abondantes du plasma par la colonne d'affinité ProteomeLab™ IgY-12 qui permet d'enlever douze protéines majeures. Deux méthodes de préparation du plasma avec les anticoagulants EDTA et CTAD ont été expérimentées. L'anticoagulant CTAD a été choisi en raison de ses capacités à stabiliser les plaquettes sanguines. Après une série de mises au point de techniques pour améliorer la reproductibilité et la résolution des gels 2-D, soit en ajoutant le réactif DeStreak™ dans les échantillons pour éviter les stries sur les gels 2-D et en plaçant des papiers buvards sur les électrodes pendant la focalisation isoélectrique pour éliminer les sels, quatre méthodes de coloration des protéines peu abondantes du plasma ont été comparées : le Bleu brillant Coomassie (G-250), le Deep Purple, le Sypro Ruby et le nitrate d'argent. La coloration la plus sensible était le nitrate d'argent tandis que le Deep Purple était préférable pour la quantification. Les protéines ont ensuite été étudiées selon l'une des modifications post-traductionnelles importantes, l'oxydation. En effet, la présence de tumeurs cancéreuses pourrait entraîner des variations dans les niveaux d'oxydation des protéines du plasma. La prévention contre le cancer a également été abordée sous l'angle de la répercussion de la consommation d'aliments anti cancéreux sur le niveau d'oxydation des protéines plasmatiques. En conclusion, notre étude est parvenue à rendre la plate-forme protéomique des gels 2-D IEF/SDS attrayante, reproductible et sensible pour la découverte éventuelle de biomarqueurs du cancer du sein et de l'ovaire. Notre projet a également démontré que l'étude des modifications post-traductionnelles comme l'oxydation peut s'avérer une grande source d'informations pour l'identification de biomarqueurs et que la consommation d'aliments anticancéreux semble influencer l'oxydation des protéines. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Protéome du plasma, fractionnement, enrichissement des protéines peu abondantes du plasma, gels 2-D, oxydation, modification post-traductionnelle, nutraceutique.

Type: Mémoire accepté
Informations complémentaires: Le mémoire a été numérisé tel que transmis par l'auteur.
Directeur de thèse: Béliveau, Richard
Mots-clés ou Sujets: Plasma sanguin, Analyse protéomique, Nutraceutique, Modification post-traductionnelle
Unité d'appartenance: Faculté des sciences > Département de chimie
Déposé par: Service des bibliothèques
Date de dépôt: 29 oct. 2015 15:56
Dernière modification: 29 oct. 2015 15:56
Adresse URL : http://www.archipel.uqam.ca/id/eprint/7368

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