Goliate : un nouveau test d'association génétique combinant le processus de coalescence et les modèles linéaires mixtes

Ferradji, Abdelhakim (2016). « Goliate : un nouveau test d'association génétique combinant le processus de coalescence et les modèles linéaires mixtes » Mémoire. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Maîtrise en mathématiques.

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Résumé

Dans ce mémoire nous présentons un nouveau test d'association génétique qui permet d'analyser simultanément un ensemble de SNPs d'une région chromosomique, tout en tenant compte d'une éventuelle présence de structure de population dans l'échantillon d'étude. Ce test est basé sur un modèle linéaire mixte qui capture l'effet de la structure de population grâce à une nouvelle matrice de similarité, construite en utilisant le processus de coalescence avec recombinaison. Des simulations sont effectuées pour tester et comparer les performances de notre nouvelle approche avec quelques tests proposés dans la littérature. Notre test montre un bon contrôle de l'erreur de type 1 en présence de structure de population contrairement aux autres tests, et semble avoir une puissance comparable à celle des autres méthodes dans le cas des variants génétiques rares. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : processus de coalescence, cartographie génétique, modèles linéaires mixtes, GWAS, déséquilibre de liaison, variants rares.

Type: Mémoire accepté
Informations complémentaires: Le mémoire a été numérisé tel que transmis par l'auteur.
Directeur de thèse: Oualkacha, Karim
Mots-clés ou Sujets: Études d'associations génétiques / Théorie de la coalescence / Modèles linéaires (Statistique) / Cartes chromosomiques / Généalogie
Unité d'appartenance: Faculté des sciences > Département de mathématiques
Déposé par: Service des bibliothèques
Date de dépôt: 26 oct. 2016 20:10
Dernière modification: 26 oct. 2016 20:10
Adresse URL : http://www.archipel.uqam.ca/id/eprint/8972

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